Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Merauke, memiliki 3 Wilayah Kerja yang telah di jaga dan ada beberapa pintu pemasukan dan pengeluaran yang berpotensi namun  belum aktif karena masih belum ada petugas yang menjaganya. 3 wilker yang telah berjalan yaitu :

1. Wilayah Kerja Pelabuhan Laut Merauke

     Petugas :  4 Orang

• Irianca Jalil ( Penanggung Jawab / Paramedis)
• Edy Suhendro, SP (Teknis Tumbuhan)
• Noerayni, A.Md. (Teknis Hewan)
• Samijan (Pembantu Bendahara)

2. Wilayah Kerja Bandara Mopah

     Petugas : 5 Orang

• Taufan TS., SP. (Penanggung Jawab / POPT Ahli)
• Roby Lobo, A.Md (Teknis Hewan)
• Sutriana Wijayanti (Staf Administrasi)
• Hadad Hi. Luth (Pembantu Bendahara)
• M. Irfandi (Honorer)

3. Wilayah Kerja Sota (Perbatasan RI-PNG)

       Petugas : 2 Orang

•  Gustaf IP. Fenetiruma (Penanggung Jawab / Teknis Tumbuhan)
•  Mukhorin ( THL)