Sarana & Prasarana yang dimiliki oleh SKP Kelas I Merauke sampai saat ini adalah :

• Gedung Kantor Utama
• Gedung Pos Wilker Sota (Perbatasan RI-PNG)
• Laboratorium meliputi : Laboratorium Penyakit Tumbuhan, Laboratorium Hama & Ruang Periksa Hewan
• Screen House
• Gudang
• Rumah Jabatan
• Lahan Parkir
• Incinerator (Tempat Pemusnahan)