Tugas Pokok SKP Kelas I Merauke :

Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Merauke, mempunyai tugas melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan tumbuhan tanaman pangan, hortikultura,t anaman perkebunan dan perkarantinaan hewan budidaya. 

Fungsi SKP Kelas I Merauke :

Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Merauke menyelenggarakan fungsi :

1. Melaksanakan 8P terhadap media pembawa OPTK dan HPHK

2. Melaksanakan pemantauan daerah sebar OPTK dan HPHK

3. Melaksanakan pembuatan koleksi OPTK dan HPHK 

4. Pengelolaan laboratorium

5. Pengelolaan data, informasi dan dokumentasi

6. Pemberian pelayanan teknis kegiatan operasional

7. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga