Karantina Pertanian di Merauke mulai aktif pada tahun 1992 yang berada di bawah koordinasi Balai Karantina Pertanian Wilayah V Ujung Pandang dengan status Wilker Karantina Pertanian Merauke dengan jumlah pegawai pada saat itu berjumlah 2 orang, pada tahun 1994 terjadi perubahan status menjadi Pos Karantina Tumbuhan Merauke dengan jumlah pegawai sebanyak 5 orang dan pada tahun 2002 Pos Karantina Tumbuhan Merauke naik tingkat menjadi Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas II Merauke.

Pada tahun 2008, terjadi perubahan organisasi kembali dengan adanya integrasi antara Karantina Tumbuhan dan Karantina Hewan sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 22/ Permentan/OT.140/4/2008 tanggal 3 April 2008 tentang Organisasi dan Tata kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian maka sekarang Karantina Pertanian di Merauke menjadi Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Merauke sampai sekarang dengan jumlah pegawai 22 orang yang terdiri dari PNS, honorer dan tenaga kontrak.